清朝末年（1901年），中国沿海一带的贫民百姓因生活困苦，漂洋过海，到南洋谋生，南洋气候炎热，潮湿多雨，瘟疫易生，病患日增；到来先辈，经济拮据，往往贫病交加，处境堪怜。见到此情此景，一批善心人士，共襄义举，筹建了善济医社，为贫苦病患服务。
善济医社成立后，得到各地热心人士的赞助与鼎力支持。善济医社的施医赠药不但为新加坡本地人服务，一些远在新山的贫病者也前来求诊。要维持每年庞大的医药开销是相当不容易的，除了依靠社会各界的鼎力支持， 本社诸多先贤及董事们还不辞劳苦，沿户筹款，甚至骑着脚踏车远赴新山等地筹募经费。社务日渐发展，由于病患者日益增多，维持经费相对提高。热心公益事业的印尼企业家王振煌先生和新加坡名流林推迁先生赞助巨款，购得明古连街124号之大厦为永久社址，奠下拥有产业的基础。
1916年，善济医社从维多利亚街迁入明古连街 124 号。
王振煌先生、林推迁先生这两位的善举，还有其他热心公益人士如郭可济、张文流、张淑源、王友海等诸位先贤及大众、商家、社员，大家群策群力，无私付出，这伟大的贡献，永远为后人铭记。善济医社购置芽笼路610号作为医社新址，于1979年正式迁入。
初期诊治病患人数由开始约1.6万人次，逐年增多。最高时达到4-5万人次，平均每月诊治4,000人次。病人的增多，是社会大众对医社信任、鼓励和支持，更加强了董事会及全体同仁对办好医社的宗旨及信念。经过一百多年的辛勤耕耘，在漫长的历史长河中，善济医社百年如一日，为贫困大众服务，从未间断过。不分阶层、种族和宗教，均一视同仁，施医赠药，造福人群。
2008年至今第七十八届理事会成立，由主席卓顺发、副主席林雍杰、邱汉春、郭观华、总务张仰兴、交际主任蔡瑞华、财政郭来兴等领导的理事会及全体董事们，秉承着先贤们的宏愿，跳出传统的框架，与时并进，走入邻里社区，接二连三，开设分社，服务民众！同时也积极参与社区慈善活动，宣扬健康意识，鼓励保健活动，为乐龄人士灌输预防胜于治疗的理念，回馈广大社会大众，发扬“善济·积善”精神。
尊敬的信念，尊敬的方式，尊敬的态度，尊敬的行为，是慈善最好的尊重基础。善济医社卓顺发主席在服务及传承方面，坚持秉着五大文化价值观：“宽容、大爱、慈悲、感恩和祝福”，配合国家建设，创造和谐社会，善济医社积极推动“有国才有家，家和万事兴”；“善与国同在，济与民同心”的宏观信念。鼎力支持福利事业，积极参加各社区、团体、联络所等的慈善活动，回馈社会。
2012年8月12日，后港分社由我国总理李显龙先生主持开幕仪式。李总理给予善济医社崇高的评语，赞扬百年善济走出原地，到更广泛的区域继续服务大众，服务社会。
2013年10月5日，榜鹅南分社由我国副总理张志贤先生主持开幕仪式，陪同的有国会议员颜添宝先生。张副总理褒扬、认可善济医社惠及居民的服务，同时也邀请善济医社到白沙西开设分社为白沙居民服务。
2013年10月5日，善济医社与榜鹅南公民咨询委员会合作，在榜鹅南成立了康乐中心，由我国副总理张志贤先生主持开幕仪式。
2014年2月24日，总理公署高级政务部长王志豪先生莅临访问善济医社总社，认为善济医社的服务可扩展到更多社区，为更多民众服务。在他的鼎力支持下，我们取得了黄埔分社的社址。黄埔分社于2014年12月6日由王部长主持开幕仪式。
2014年9月8日，收到李氏基金捐赠100万元，此善款用于设立“建国一代医疗基金”。于2016年1月1日正式推行，缴付建国一代就诊者全额医疗费用，有10万人次受惠。
2014年12月29日，白沙西分社开始为民众服务。2015年11月22日，善济医社白沙西分社在白沙西康乐中心由我国副总理张志贤先生正式主持开幕仪式。张副总理特别感谢善济医社照顾区居民，居民也很赞扬善济的服务。
2015年7月12日，文礼分社由我国副总理张志贤先生主持开幕仪式，陪同的有文化、社区及青年部长兼通讯及新闻部第二部长黄循财先生、西海岸集选区国会议员邝臻先生、先驱单选区国会议员符致镜先生及善济医社董事同仁。
2015年7月12日，善济医社与文礼公民咨询委员会、人民行动党社区基金会合作成立文礼康乐中心，由我国副总理张志贤先生主持开幕仪式。
2015年8月1日，善济总办事处及芽笼总社、芽笼 535新分社由善济医社顾问、总理公署高级政务部长王志豪先生主持开幕。芽笼 535 新分社增设肿瘤科，通过中医药和心理辅导，积极帮助低收入的肿瘤患者，抵抗顽疾，每天约为100多位病患者服务。
2015年11月21日，三皇五帝的秘书李振进先生受李永木荣誉会长委托莅临参观善济医社总部。在了解医社运作、愿景、使命与价值观后，李先生深表赞叹，并表示三皇五帝将在未来为善济医社募集100万元善款作为医社的运作资金，以示对善济医社慈善事业的支持。
2015年12月1日，惹兰加由分社正式服务。同年12月27日，由新加坡总理李显龙先生主持开幕仪式，陪同的有卫生部政务部长兼盛港西单选区国会议员蓝彬明医生、宏茂桥集选区国会议员颜添宝先生、杰乐先生。李总理再次感谢善济医社对居民提供优质的服务。培华基金免除惹兰加由分社长达六年的租赁费用，数额估计高达50万元。
2016年2月26日，692芽笼分社（骨伤科及忧郁症治疗中心）正式开幕，由社会及家庭发展部长陈川仁先生主持开幕仪式，陪同的有马林百列集选区国会议员花蒂玛副教授、善济医社主席卓顺发和善济医社董事同仁。
2016年3月19日，晚6点30分在新加坡博览中心MAX PAVILION举行“善济爱心慈善晚会2016”，晚宴主宾为陈庆炎总统。受邀出席的嘉宾还有教育部代部长（高等教育及技能）兼国防部高级政务部长王乙康先生、教育部代部长（学校）兼交通部高级政务部长黄志明伉俪、总理公署高级政务部长王志豪先生、贸工部兼国家发展部政务部长许宝琨伉俪、卫生部政务部长蓝彬明伉俪、马林百列集选区国会议员花蒂玛副教授、义顺集选区国会议员郭献川伉俪。晚会筹得500多万元的善款。共有3500位嘉宾出席晚宴共襄盛举，欢聚一堂。
2016年4月5日，善济医社收到善心匿名人士卓先生的50万元爱心捐款，此善款用于医社的慈善事业，为更多有需要的病患服务，创造幸福家庭。
2016年4月16日，为了方便德士司机就医看诊及服务更多的居民，得运公司提供免租金的施诊场地，宏茂桥（得运总部）分社正式服务。同年6月25日由贸工部兼国家发展部政务部长许宝琨医生主持开幕仪式。
2016年5月17日，林恩增先生参观善济医社。林先生了解了善济医社的运作和发展，对善济医社推动医疗服务，致力于为弱势团体无私的奉献精神，深切认同与鼎力支持。为了纪念和感恩父亲养育之恩，延续父亲生前行善精神，林先生家族以其父亲林和义先生之名捐赠100万元予善济医社。
2016年9月5日，李氏基金再次捐赠100万元，将延续“建国一代医疗基金”，缴付建国一代就诊者全额医疗费用，有10万人次受惠。
2016年10月3日，随着马西岭分社正式投入服务，国会议长、马西岭-油池集选区国会议员哈莉玛博士，多次到访马西岭分社问候居民，了解他们的健康状况。
2016年10月25日，杨厝港分社正式投入服务。分社将于2019年5月4日开幕，届时邀请贸工部高级政务部长许宝琨医生主持开幕仪式。
2016年12月17日晚7点30分，在新加坡博览中心举行“善爱善济感恩晚宴”，晚宴的主宾为教育部长（学校）兼交通部第二部长黄志明伉俪，特别嘉宾为医社顾问、总理公署高级政务部长王志豪先生。晚宴共有700多位嘉宾共襄盛举。
2017年2月13日，榜鹅北分社正式服务。同年4月1日，教育部（学校）兼交通部第二部长黄志明先生主持开幕仪式。黄部长表示：善济医社，诚心为民众提供慈善中医诊疗服务，减轻民众疼痛和医疗负担，是值得赞赏的慈善精神。
2017年5月14日，宏茂桥集选区和盛港西单选区公民咨询委员会、善济医社联合举办的“善济温馨五月感恩母亲节”由梁苑集团赞助。主宾是宏茂桥集选区国会议员兼基层组织顾问李显龙总理。当天2,000多名义工在全岛约100个地点，共派送出21万朵康乃馨给民众。晚上，李显龙总理在面簿上发贴文，他写道：“今天上午，我与宏茂桥市政理事会议员和义工们一起向盛港南社区的母亲和居民分发一万朵粉红色康乃馨，很开心看到很多母亲和她们的家人享受他们温馨美好的星期天。感谢善济医社奉献的爱心花朵。善济医社是一个社会公益慈善机构，一百多年来，不分种族、宗教、国籍，一视同仁为社会大众提供免费的中医看诊服务。我也感谢宏茂桥集选区和盛港西公民咨询委员会支持这个伟大的母爱项目，你们今天给很多人带来了欢笑。”
2017年7月8日晚上，在新加坡博览中心举行“善济爱心之夜”晚宴的主宾为国会议长、马西岭-油池集选区国会议员哈莉玛博士。特别嘉宾为贸工部兼教育部高级政务次长及西南区市长刘燕玲女士、中华人民共和国驻新加坡共和国大使馆参赞兼总领事王家荣先生、全国职工总会助理总干事杨木光博士。哈莉玛博士当晚也宣布接受邀请，成为善济的赞助人。晚宴通过赞助、宴席售卖、慈善拍卖，共筹得10,243,443新元，晚宴共有3,200多位嘉宾共襄盛举。
2017年7月29日，李氏基金再次捐赠100万元，延续“建国一代医疗基金”，缴付建国一代就诊者全额医疗费用，有10万人次受惠。从2014至2017，李氏基金共捐赠善济医社300万元。
2017年8月5日，国会议长、马西岭-油池集选区国会议员、善济医社赞助人哈莉玛博士主持开幕仪式。哈莉玛博士在开幕仪式上赞赏善济的慈善中医诊疗理念，为人民尤其是低收入家庭，提供慈善中医门诊服务，而且目前非华族看诊者占总看诊人数的 40%。她在选区沿户访问居民时，都会带着善济传单，鼓励居民到该分社接受中医诊疗。
2017年8月13日，教育部长（高等教育及技能）及国防部第二部长、三巴旺集选区国会议员兼基层组织顾问王乙康先生，在卓顺发主席、董事及基层组织领袖的陪同下，视察甘巴士分社。
2017年9月4日，甘巴士分社正式投入服务。
2017年10月29日，财政部长王瑞杰先生在丹戎巴葛集选区国会议员兼摩绵-经禧基层组织顾问杨益财先生、卓顺发主席、董事及基层组织领袖的陪同下，参观了摩绵－经禧分社。同年11月28日，摩绵-经禧分社正式投入服务。
2018年3月24日，摩绵-经禧分社正式开幕，丹戎巴葛集选区国会议员兼摩绵-经禧基层组织顾问杨益财先生主持开幕仪式。
2018年5月21日晚，“督潘曹瑞兰博士纪念基金启动晚宴”在福康宁酒店举行，新加坡共和国总统、善济医社赞助人哈莉玛博士担任主宾，并为督潘曹瑞兰博士纪念基金启动仪式揭牌。基金以拿督陈贤进博士的妻子、著名慈善家和艺术家、已故国际青年商会参议员督潘曹瑞兰博士的名字命名，将筹集2,000万元善款，用于资助低收入家庭在善济医社的医疗服务。拿督陈贤进博士不仅将向善济医社捐赠其夫人、已故督潘曹瑞兰博士创作的艺术作品，用于基金的筹集工作，同时也向纪念基金的启动募集捐赠200万元。
2018年9月2日晚，善济医社成功举办了“让善济更加美丽慈善晚宴”，在拿督陈贤进博士的一对一配对捐款下，获得了400万元善款。晚宴主宾是丹戎巴葛集选区国会议员杨益财先生，贵宾是善济医社永久荣誉主席、鳄鱼基金会赞助人拿督陈贤进博士、世界小姐创始人Mrs Julia Morley、2016年世界小姐Miss Stephanie Del Valle等。
2019年5月4日，杨厝港分社由贸工部高级政务部长许宝琨医生主持开幕仪式。
2019年5月12日，甘巴士分社由教育部长王乙康先生主持开幕仪式。
2019年5月12日，“善济温馨五月感恩母亲节”在甘巴士分社圆满举行，主宾为甘巴士基层组织顾问、教育部长王乙康先生。
2019年7月7日，善济医社首次举办电视筹款《善济全民爱心夜》筹得736万的善款。现场共有300多人共襄善举，现场直播加重播的收视人次高达122万。善济医社赞助人哈莉玛总统担任活动主宾，总统夫婿穆罕默德先生、白沙-榜鹅集选区国会议员张思乐先生、义顺集选区国会议员郭献川先生、后港区基层组织顾问李宏壮先生BBM、中华人民共和国驻新加坡共和国大使馆参赞兼总领事邱元兴先生、慈善理事会主席余福金博士PJG，BBM，PBM、中医管理委员会主席符喜泉博士太平绅士JP、公益金主席陈永祥太平绅士 PJG，JP，BBM(L)，BBM，PBM 伉俪、文化、社区及青年部副常任秘书（关爱新加坡行动）洪合成博士BBM伉俪、国家福利理事会（福利会）执行理事长沈锦源先生 PPA(P)，PPA(P)(T)、培华基金副主席洪茂诚 BBM 伉俪、新加坡乒乓总会会长李玉云律师太平绅士 JP，PBM、南华潮剧社主席卓林茂先生太平绅士 JP，BBM(L)、新传媒总裁谭乐琼女士、善济医社主席卓顺发太平绅士JP，BBM，PBM，PVPA，DIMS，SPTM、善济医社荣誉主席、董事等也参加了此次活动。
2019年9月8日，善济医社在圣淘沙名胜世界宴会厅成功举办“善济真善美感恩之夜”。晚会的主宾为教育部长王乙康先生。善济医社主席卓顺发太平绅士担任筹委会主席，同时有1500位嘉宾出席了此次晚会，共襄善举。晚会中，主宾王乙康部长颁发特别贡献奖予善济永久荣誉主席拿督陈贤进博士。陈博士捐赠了200万元，支持纪念督潘曹瑞兰博士纪念基金。这也是善济医社目前收到的最大数目的个人单笔捐款。目前基金已有600万元。王部长也颁发世界和平特殊贡献奖予茱莉亚·莫利女士。自1972年以来，莫莉女士以“有意义之美”为理念创办了世界小姐，为慈善组织募集了超过5亿美元善款，帮助了超过100个国家的弱势儿童。
2020年4月30日，善济医社董事会经社员大会一致通过决定捐献100万元助力奋勇基金（The Invictus Fund，前译永不言败基金），国家福利理事会新设立的一项基金。“奋勇基金”旨在为社会服务机构筹集社会大众善款，以保障这些机构能够继续服务弱势群体。这项额外援助将能协助这些机构维持运作和加强技术装备，以更好地帮助受惠者。2019冠状病毒疫情对经济的打击很大，每个人都直接或者间接受到不同级别的影响，善济也面临着筹款的困难和挑战，善济虽然辛苦，但在这个特殊时期辛苦的团体就要帮助更辛苦的团体，更辛苦的团体就要帮助遇到瓶颈的团体。政府全力以赴地和照顾大家，作为社会一分子，我们同样要相互支持，相互鼓励，相互帮助；在他人受难的时候，看到自己的责任与光明——有钱出钱，有力出力，为国家献力，为民服务，同舟共济，共渡难关。
2020年5月5日，收到来自善济医社赞助人哈莉玛总统阁下的鼓励函：
“顺发，很高兴收到您的来信，感谢善济医社对奋勇基金的慷慨捐献。我相信，这笔善款将会为更多的社会服务机构提供及时的帮助，为弱势群体、低收入家庭及个人提供在疫情期间的援助服务。
我希望善济医社能够一如既往地造福社会大众，尤其是在这个艰难时期。最后，祝福您与善济医社同仁身体健康。”
——哈莉玛总统
2020年5月15日，收到来自李显龙总理的鼓励函：
“顺发，谢谢您的来信！
我很高兴善济以积极的行动来对抗疫情，非常感谢善济医社在您的带领下，对其他慈善机构的慷慨捐献，尤其是对那些财务上有困难的慈善机构，感谢善济为弱势群体提供免费问诊和医药补贴，这些服务向居民们提供了有力的保障。
除了对抗冠病疫情之外，你们还发挥了难能可贵的作用，将我们的社区团结在一起，为大众提供医疗保健服务。我知道很多年长者一直期待着像善济医社这样的中医慈善机构重新投入服务。希望您所提供的服务能缓解他们的疼痛和痛苦，并为他们带来幸福与安康。
对我本人来说，感谢您担任盛港南公民咨询委员会的赞助人，对宏茂桥集选区一直以来的大力支持。期待在未来几年继续得到您的协助与支持！”
——李显龙总理
2020 年 5 月 29 日，收到来自王瑞杰副总理兼财政部长的鼓励函：
“顺发，谢谢您的来信！
感谢善济医社慷慨解囊，捐献善款支持奋勇基金。在您的领导下，善济医社体现了“群策群力，共创未来”的精神，在困难的时刻对弱势群体伸出援手，关注与援助弱势群体是刻不容缓的，尤其是在艰难的时候更为重要。
善济医社捐赠的善款就像及时雨，适时地让我们的社会慈善机构能够继续为弱势的群体（个人与家庭）社区提供援助。令人感到鼓舞的是，在这个充满挑战的艰难时刻，善济医社还是一如既往地为建国一代及弱势群体提供免费看诊及低收费的治疗。
我们相互地携手扶持，证明了我们是一个全民一心、团结的国家。我希望您的善举能激励更多的企业挺身而出慷慨解囊。这些所有的努力与付出将有助于我们共同对抗冠病疫情。同心协力，我们共同克服这场危机，我们将变得更加强大！
祝愿您与善济全体同仁身体健康。”——王瑞杰副总理
2020 年 5 月 28 日，收到来自社会及家庭发展部长兼国家发展部第二部长李智陞的鼓励函：
“卓先生，我谨代表国家福利理事会（NCSS）对善济医社在冠病疫情期间对我们的社区福利组织的大力支持，表示感谢！
您慷慨解囊，通过公益金捐献 100 万善款支持奋勇基金，这项善举将有助于确保我们的社区福利组织继续为弱势群体提供援助。
让我特别受到感动的是，善济医社本身是新加坡公益机构，却在困难时刻向其它社区福利组织伸出援手。正是有了这种无私奉献和团结一心的精神，我们才能一起变得更加强大。
感谢您与国家福利理事会一路同行，关爱与改善弱势群体（个人、家庭和社会大众）的生活素质。”
——李智陞部长
2021年1月22日，在主宾，文化、社区及青年部兼贸工部政务部长陈圣辉先生的见证下，善济医社义务执行主席卓顺发太平绅士和南大副校长（大学事务发展）连萧思女士签署《善济医社助学金》的爱心捐赠协议书。善济医社首次跨界教育领域与南洋理工大学合作，分十年捐赠共100万元设立百万《善济医社助学金》。设立这个助学金不但援助南洋理工大学的弱势学生，希望善款能缓解学生们的家庭财务压力，让他们专心努力就读，继续深造，成为社会未来的栋梁。这也配合南洋理工大学的“毕业生捐献计划”，以一对一的配对捐款的方式，目的是希望向即将毕业的学生灌输“取之社会，回馈社会”的慈善精神，鼓励他们筹集资金，帮助大学里有需要的学生。该基金于今年成立，从明年起每年将发助学金给一名学生，2030年后，每年将有10名学生受惠，助学金得主将获得6000元的资助。
善济共有13间分社，善济医社在过去八年里（2013年至 2020年）总共服务了约2,088,542看诊人次，发出的药帖有 4,035,370 帖。未来五年（2020年到2024年）看诊人次估计将高达250万人次，发出的药帖估计为480万帖。全年费用约为700多万元。
善济获得新加坡公益机构（IPC）的批准，所有慈善捐款将享有税务回扣，此项优惠给捐款者带来巨大的信心与鼓励。医社所进行的筹款活动，如售旗日、中秋节活动、慈善画展、文艺歌唱晚会、慈善高尔夫球赛晚宴、爱心慈善晚会等，都获得了各界善长仁翁的广泛支持。
善济医社以同样的理念：免费问诊、医药补贴、推拿理疗，提供全方位的服务。很多年长者因为路途遥远、行动不便等原因，不能及时和方便地寻医救治，希望多增加分社后，让各地区年长者能及时和方便地就医治疗。让年长者备受关爱、关注，让他们安康、幸福、愉悦度过流金岁月。
善济医社现任的董事及同仁，秉承着先贤的文化、价值观与慈善信念，发扬华族互助优良传统，以慈悲为怀的崇高宗旨，传承发扬先贤的无私奉献精神，继续服务社会、让更多社会人士受惠。